Ένας από τους κορυφαίους κεντρικούς αμυντικούς του ελληνικού ποδοσφαίρου από τα τέλη της δεκαετίας του ’80 μέχρι τα τέλη της δεκαετίας του ’90, με πολύ μεγάλη καριέρα στην ομάδα του Παναθηναικού, αλλά και με αρκετά ικανοποιητική παρουσία -για τρία χρόνια- με την φανέλα της ΑΕΚ.
Γεννημένος στις 10 Φεβρουαρίου 1966, ο Έλληνας στόπερ ξεκίνησε στον Πανελευσινιακό κι αφού αγωνίστηκε για ένα εξάμηνο και στον Διαγόρα Ρόδου, εντάχθηκε στο ρόστερ του Παναθηναικού το 1987. Στους “πράσινους” καθιερώθηκε γρήγορα ως βασικός κι αναντικατάστατος, έγινε ιδιαίτερα αγαπητός στον κόσμο και έκανε πολύ σημαντική καριέρα για μια ολόκληρη δεκαετία (διατελώντας και αρχηγός των “πρασίνων”), κατακτώντας πολλούς τίτλους και συμμετέχοντας σε πολύ σημαντικές ευρωπαικές βραδυές. Ταυτόχρονα έγινε βασικό στέλεχος και της εθνικής ομάδας των ανδρών.
Πολύ δυνατός και σκληροτράχηλος αμυντικός, με έντονο ψυχικό σθένος στο παιχνίδι του, ηγετικές τάσεις και μεγάλη ικανότητα στο ψηλό παιχνίδι, θεωρείται ένας από τους πολύ σημαντικούς κεντρικούς αμυντικούς στην ιστορία του ελληνικού ποδοσφαίρου. Οι κατά καιρούς δυναμικές και καίριες επεμβάσεις του ακόμα και με “ακροβατικές” κινήσεις και τάσεις αυτοθυσίας στο παιχνίδι του, τού έδωσαν το προσωνύμιο “ο Νίντζα”. Αρνητικό στοιχείο στον τρόπο παιχνιδιού του το γεγονός ότι πολλές φορές τα μαρκαρίσματά του ξέφευγαν από τα όρια του επιτρεπτού, με αποτέλεσμα να δέχεται και πολλές κάρτες. Πάντως σε γενικές γραμμές ήταν ένας πολύ καλός και αποτελεσματικός αμυντικός.
Το καλοκαίρι του 1997 μένει ελεύθερος από τον Παναθηναικό και οι άνθρωποι της ΑΕΚ δεν χάνουν την ευκαιρία να τον εντάξουν στο ρόστερ της ομάδας. Είχε αρκετά καλή παρουσία επί τρία χρόνια με πολλούς διαφορετικούς παρτενέρ δίπλα του (Ντόμπος, Μανωλάς, Κωστένογλου, Μπαμπούνσκι, Πέτριτς, Καψής, Δέλλας) χωρίς συνήθως να χάνει την θέση του στην ενδεκάδα. Παρόλα αυτά δεν έπιασε τα τόσο υψηλά στάνταρντ απόδοσης που έπιασε παλιότερα στον Παναθηναικό. Ο Γιάννης Καλιτζάκης είχε συνολικά με την ΑΕΚ για το πρωτάθλημα 76 συμμετοχές κι 1 γκολ και κατέκτησε με τα κιτρινομαυρα 1 κύπελλο (2000). Αποχώρησε από την ομάδα το 2000 κατόπιν απόφασης του Γιάννη Παθιακάκη.
Μετά την ΑΕΚ αγωνίστηκε για μια σεζόν στον Εθνικό Αστέρα πριν κλείσει την πλούσια καριέρα του. Συνολικά στην πορεία του είχε 71 συμμετοχές με την εθνική ομάδα των ανδρών (συνήθως ως δίδυμο με τον Στέλιο Μανωλά) και συμμετείχε με το αντιπροσωπευτικό μας συγκρότημα στο Μουντιάλ του 1994. Ένα ενδιαφέρον στατιστικό στοιχείο στην καριέρα του είναι ότι αναδείχτηκε νικητής και στους 7 τελικούς κυπέλλου Ελλάδας που αγωνίστηκε (6 με Παναθηναικό κι 1 με ΑΕΚ).
Μετά το τέλος της καριέρας του έμεινε κατά καιρούς κοντά στο ποδόσφαιρο και μάλιστα διετέλεσε υπεύθυνος ακαδημιών του Πανελευσινιακού και γενικός αρχηγός του Πανηλειακού.